Yfirskattanefnd starfar samkvæmt lögum nr. 30/1992, um yfirskattanefnd, með síðari breytingum, og öðrum lögum þar sem kveðið er á um verkefni og skyldur nefndarinnar.
Yfirskattanefnd er æðsti úrskurðaraðili innan stjórnsýslunnar í þeim málum sem í valdsvið hennar eru lögð. Ákvörðunum nefndarinnar verður því ekki skotið til ráðherra eða annars aðila innan stjórnsýslunnar.
Í yfirskattanefnd sitja fimm eða sex menn sem skipaðir eru til sex ára í senn og hafa fjórir nefndarmanna starfið að aðalstarfi. Skulu nefndarmenn fullnægja skilyrðum sem sett eru um embættisgengi ríkisskattstjóra. Formaður og varaformaður þurfa þó einnig að uppfylla þau skilyrði sem sett eru um embættisgengi héraðsdómara. Ávallt skal annaðhvort formaður eða varaformaður taka þátt í úrlausn máls.
Verkefnum yfirskattanefndar má skipta í fimm flokka:
Úrskurðarvald yfirskattanefndar tekur í fyrsta lagi til kærumála vegna ákvarðana ríkisskattstjóra um skatta og skattstofna, svo og vegna annarra ákvarðana ríkisskattstjóra, eftir því sem nánar er ákveðið í lögum. Til yfirskattanefndar má skjóta ákvörðunum (úrskurðum) ríkisskattstjóra um alla skatta og gjöld sem ríkisskattstjóri leggur á og úrskurðar um. Þar á meðal eru tekjuskattur (lög nr. 90/2003, um tekjuskatt), útsvar (lög nr. 4/1995, um tekjustofna sveitarfélaga), tryggingagjald (lög nr. 113/1990, um tryggingagjald), virðisaukaskattur (lög nr. 50/1988, um virðisaukaskatt) og bifreiðaskattar (lög nr. 87/2004, um olíugjald og kílómetragjald, og lög nr. 39/1988, um bifreiðagjald). Jafnframt úrskurðar yfirskattanefnd um kærur vegna bindandi álita sem ríkisskattstjóri lætur uppi samkvæmt lögum um bindandi álit í skattamálum. Tilteknar sektarákvarðanir ársreikningaskrár eru einnig kæranlegar til yfirskattanefndar.
Í öðru lagi úrskurðar yfirskattanefnd um ágreining innflytjenda og tollyfirvalda í tollamálum, þar á meðal vegna ákvörðunar tollgæslustjóra um gjaldskyldu, tollverð og tollflokkun. Einnig má kæra bindandi álit tollgæslustjóra um tollflokkun vöru til yfirskattanefndar.
Í þriðja lagi úrskurðar yfirskattanefnd í ágreiningsmálum vegna ákvarðana sýslumanna um erfðafjárskatt, sbr. 2. mgr. 8. gr. laga um erfðafjárskatt, og um stimpilgjald, sbr. 1. mgr. 11. gr. laga um stimpilgjald.
Í fjórða lagi má skjóta ákvörðunum skattrannsóknarstjóra um sektir vegna meintra brota á skattalögum og/eða lögum um bókhald og ársreikninga til yfirskattanefndar. Skattrannsóknarstjóri kemur fram af hálfu hins opinbera fyrir nefndinni við meðferð málsins.
Loks og í fimmta lagi úrskurðar yfirskattanefnd um fjárhæð endurgreiðslu til erlendra kvikmyndaframleiðenda, sbr. lög nr. 43/1999, um tímabundnar endurgreiðslur vegna kvikmyndagerðar á Íslandi, og um fjárhæð endurgreiðslu til bókaútgefenda, sbr. lög nr. 130/2018, um stuðning við útgáfu bóka á íslensku.